1.清除缓存是不会导致笔记数据丢失的，清除缓存清除的一般是OCR数据。我估计很有可能是在删除iCloud数据的时候导致了笔记的丢失，我之前删除iCloud数据之前会先关闭MN3上的iCloud开关。
2.目前，自动同步功能应该还在优化，等着出3.7吧。备份是自己在软件里进行备份的，位置自己决定；缓存看不到反正也没必要看到；存储的话，你可以在“文件”这个应用的iCloud Drive下看到你上传到iCloud的文件。保障笔记安全的话，你如果有丢失数据可以先看一下软件内的历史存档，如果有意外情况，它会自动存档笔记本。由于我有Mac端的MN3，所以经常会备份整个数据库，除了有时候同步不过去之外，其实也是为了以防万一（虽然我还没遇到笔记丢失这些情况）。
3. 援引开发者的话：
MN3的笔记本和PDF文件是分开的。Min大的意思我认为就是一个完整的MN3学习库 = PDF + 标注笔记本（就是你直接在PDF上的高亮、划线、批注）+脑图笔记本。这三个东西是分开存储的，其中PDF可以直接在“文件”中看到，笔记数据库和脑图笔记本看不到。