请问MN3储存空间的使用逻辑

文档和笔记数据库是分别存储的。文档存在iCloud Drive里。而笔记数据库存在iCloud CloudKit中，在Drive里不可见。也就是你在Files里是看不到这部分内容的，但是它占用iCloud存储空间。
备份是属于iCloud层面的备份。不影响你的同步，你的所有同步都存储在iCloud的MarginNote 3中。