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自助解决了，摸索了很久。
说一下解决办法：重新关联PDF和笔记。
我是用marginnote来进行pdf标注，很少用脑图笔记本的功能。
所以
1.先在损坏的PDF文件里面把所有笔记本全部升级为脑图笔记本（似乎这样才可以重新关联，只是文档笔记本会随着文档删除而被删除）
2.删除损坏的PDF文件
3.导入PDF原文件
4.找到“找回失联笔记功能”，把所有脑图笔记本关联到原文件上
希望能帮到后来遇到这个BUG的朋友
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现在的版本中的找回失联笔记功能也可以找回文档笔记本的了，人卫医学这一丛书就是会有此问题，建议先不要对此文档添加页，直到此问题修复。
补充内容：Q2 如何不丢失笔记数据替换关联文档/MarginNote3中文档丢失/误删文档如何恢复？
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好的，原来是文档的问题，谢谢提醒
！！！我也！！！太感谢了！亲测有效！疯狂感谢！
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同为医学狗，话说我的病理学甚至在百度云下载好的时候就已经有一部分乱码了，真是奇怪
不用谢，能帮到你就好