本插件的开发目的是连接Marginnote 4和Endnote文献库，在MN4中直接搜索Endnote的PDF，并且建立Endnote文献全文索引，接入AI功能用于检索增强的生成（RAG），以及相应的脑图绘制。在没有Endnote的情况下，也可对Marginnote内的所选文档进行索引和问答。
注意：插件属个人开发，使用AI进行代码编写，在界面上比较紧凑，折叠较多，需要鼠标滚轮来找一些按钮（欢迎提bug和修改意见，有空会更新）。
插件仅适用MacOS端。
核心功能：
- Endnote：MN内部进行Endnote的文献条目搜索和PDF管理、打开到finder文件夹。
- Index：建立PDF索引，用于AI问答。
- Chat-Answer模式：接入Chatgpt模型用于问答和脑图制作，可以使用选取的图片或文本添加为上下文，类似MN4内置软件功能，但提供网络搜索。
- Chat-Evidence Map模式：使用Chatgpt模型，生成脑图结构，文献证据可回溯。
- 跨文档问答：如图，在Chat窗口中切换到All research library, 用于允许AI基于Endnote内容进行全库全文搜索和组织回答。
推荐用户：
- 需要阅读文献，使用Endnote管理文献。
- 有跨文档+网络搜索的AI问答的需要，希望回答直接做成MN脑图卡片。
使用逻辑：
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插件安装，安装mnaddon文件后，还需安装companion程序用于跨软件执行桥接，具体见使用说明。
使用说明.md (5.6 KB)
MNAI-Scholar-Companion-v1.4.1-macOS-arm64.zip (548.3 KB)
MNAI-Scholar-v1.4.1.mnaddon (133.4 KB)
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如果需要AI功能，安装一个chatgpt桌面版，登陆账号。回到marginnote，在插件中点击New按钮右边的
，显示设置界面，选择你想用的模型，如果有OpenAI compatible API也可用API，记得test连通性。 -
如果你目前只需要用AI解读当前PDF，无论你是否有Endnote，都可以用本插件进行。请找到Index，点击quick reading index（或者安装了MinerU之后点击detailed reading index，这个选项会需要3-5分钟的准备时间，相应的，索引质量会更高，适用于图文排版复杂的PDF）
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回到Chat 窗口，看到context部分已经出现了当前pdf的索引，即可开始AI问答，chat模式是直接回答，evidence map模式是生成一个脑图。注意，还可以在MN的阅读区选取文档中的图片或者文本，然后点击chat窗口上的context 选项中的“+select text”、“+copied text/image”等选项，加入到问答的上下文中。
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连接Endnote库，在Endnote部分输入Endnote 库的地址，举例：/Users/你的用户名/Documents/My EndNote Library.enl。点击connect library进行连接。然后点击sync library同步数据。如果希望进行PDF全文索引，请点击Quick-index all（快速索引）或者Sync+detailed plan（MinerU高质量索引，耗时更长），需要运行的时间还取决于endnote中PDF有多少。
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索引完成之后可以在Index窗口中找到已经完成索引的PDF，并且按照文件名进行搜索。
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回到Chat窗口，已经解锁了文献库全文问答能力，在scope部分切换到 All research library+current context，可以勾选web search用来搜索网络信息。输入问题（或者选择预设模板），点击build map，等待3-10分钟（等待时间取决于模型思考强度，通常terra-medium就够用，不建议采用高于sol-medium的模型推理强度，否则会很慢而且回答质量没有显著提升）。
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这是evidene map模式输出的整个图像，如果有选中节点会建立在当前选中节点的后面：
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点击右上角的New按钮即可新建对话。
致谢：
感谢MN开发团队开放API并进行插件认证签名。感谢各类AI插件的开发者为这个插件提供灵感和参考。