我建议不要轻易删除 MN3 的文件夹。
MN4 里面完全不保留文档的文件夹结构，完全按照学习集来组织，文档是打平了存储在 iCloud的 MN4 文件夹下的MNDocs下面。这样在 MN4 内部闭环的话倒没什么问题，因为 MN4 内部有学习集，也有 category 去作为组织文档的工具，但是，非常不利于维护一个自己的文档库（因为不一定都导入到学习集里面，也不一定都在 MN4 里面维护了 category），而这个不确定楼主是否需要，但我个人是需要的。
另外导入到 MN4 之后建议详细检查一下脑图的情况，因为我遇到了一些导入的 bug，详见：MN3 笔记迁移到 MN4 过程遇到的若干问题