我有一个暂时的方案，供楼主参考，至少可以应应急。
因为我也是经常 ipad 和 Mac 之间来回切换，但同步会将笔记丢失掉节点，受过伤，所以，后来找到了一个暂时的方法：
首先，到主设置中关闭 iCloud；废话，就是不让同步。
接下来，将每次更新后的笔记 “导出备份（不含 PDF）” 到 iCloud 中
而且，我的 PDF 也是存放在 iCloud 中的。
最后，在另一台设备中导入备份，这样就完全可以了。用了一段时间了，没有出现问题。
唯一有个问题就是，用 ohmymn 生成的标题，在导入后会把摘录显示出来。
有问题可以回复，继续探讨 @lxyer