您好，现在距离MN设计之初电子书籍资源情况已经有了很大变化，考虑到用户主要需要集中在PDF标注摘录上，现在MN的主要改进精力都集中在PDF的支持上。
如您所述，如果有制作精良的Epub文件，建议转换成PDF使用。PDF的目录文件一般是可以正确读取的（您提及的pdf大纲问题应该是文件本身没有自带目录），如有不能正确读取的文件可以在论坛反馈，我们会改进兼容。
通常我们推荐使用Calibre转换epub to PDF文件，感谢您的补充建议。
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